La hidrografía superficial del Bajío Guanajuatense está determinada por el paso del río Lerma y sus afluentes, los ríos la Laja, Silao, Pénjamo y Guanajuato, cuyas aguas, se ha detectado, están contaminadas en mayor o menor grado. Entre las causas se pueden mencionar a las aguas residuales de las industrias establecidas en esa región, las aguas resultantes del riego agrícola y las aguas domésticas. Todas ellas se vierten sin "tratar" a los ríos locales, convirtiendo así al río Lerma en el desagüe a cielo abierto más grande del país. Desgraciadamente, hoy día ningún río en México es confiable como para que las personas se puedan bañar sin ninguna preocupación.
